Die Aufträge folgen zwar einer festen Reihenfolge und Ihr könnt nicht bestimmen, welches der Ziele Ihr als nächstes erreichen wollt, aber in den Missionen können die Ziele durchaus verschieden gelöst werden. Entweder man versucht den vorgeschlagenen Weg, oder man schaut einfach mal, wie es im Hinterland der Feinde aussieht und räumt da ein wenig auf, bevor man sich dem eigentlichen Ziel widmet. Dabei variieren die Missionen zwischen der Zerstörung von feindlichen Stellungen und Basen, Eskort- und Verteidigungsaufträgen. Aber passt auf: Überraschungen sind garantiert, denn noch nie hat ein Schlachtplan den ersten Feindkontakt überlebt.
Vor jeder Mission werdet Ihr durch kleine Videos über die Ziele und Hintergründe informiert, und Ihr könnt Euch entscheiden wie viele der bis zu vier Mechs Ihr in die Schlacht führt. Danach lohnt sich immer ein Blick in das MechLab, wo man jeden einzelnen Mech immer neu konfigurieren und an die anstehenden Aufgaben anpassen kann. Beschränkt wird der Umbauspaß nur durch das maximale Gewicht und der Neuerung, dass Ihr nicht mehr in jeden Waffenschacht jede Art von Waffe einbauen könnt. Dies wird den Battletech-Kenner ein wenig wundern, aber dafür gibt es nun auch extra Waffenschächte, wie zum Beispiel die Raketenbehälter auf den Schultern der MadCat.
Hat man seine Truppe zusammengestellt und schnell ein letztes Gebet gesprochen, geht es in die Schlacht – wobei eine kurze In-Game-Sequenz in jede Mission einführt und das Spiel dann nahtlos weitergeht. Hat man nach schweißtreibenden Kämpfen endlich seine Aufgaben erledigt, kommt nach einer kleinen Sequenz eine kurze Übersicht über die Mission, die Fortschritte der Teamkameraden und der Beute. Diese bleiben nicht auf ihren Fähigkeitsstand stehen, sondern lernen bei jedem Einsatz dazu und werden immer besser. Erbeutete Mechs und Bauteile kann die kleine Rebellentruppe immer brauchen.