Dabei kommt es vor allem darauf an, die besonderen Fähigkeiten der neun Soldaten auszunutzen, um Hindernisse zu überwinden und Gegner auszuschalten. So nähert Ihr Euch Schritt für Schritt dem Missionsziel. Wie schon im ersten Teil sind wieder der “Green Beret” für Einzelkämpfer-Einsätze, der Spion mit Tarnung und Gift-Spritze, der Pionier und Sprengmeister, der Taucher, der zielsichere Scharfschütze und der Fahrer mit von der Partie. Zusätzlich kommen noch drei neue Spezialisten hinzu: Es sind dies der Dieb, der Soldaten bestehlen kann und fast überall ein Durchkommen findet, die verführerische Natascha sowie – besonders witzig – der Hund Whisky. Dieser kleine “Kläffer” ist immer dann gefragt, wenn Gegenstände unauffällig an den Wachen vorbei über teils weite Strecken von einem Soldaten zum anderen gebracht werden müssen. Außerdem kann er die Wachen mittels seines Gebells ablenken. Auch die hübsche Ukrainerin Natascha hat so manche Methode drauf, um die feindlichen Kräfte auszuschalten. Ferner dürft Ihr in manchen Missionen auch den mit Euch verbündeten Truppen einfache Befehle erteilen, damit diese beispielsweise eine optimale Feuerposition einnehmen.
Eure Kommando-Truppen können diesmal viel mehr Gegenstände mitnehmen und bedienen, als noch im ersten Teil. Niedergestreckte Gegner, dunkle Verstecke und verheißungsvolle Kisten können durchsucht werden. Hier findet Ihr dann zumeist Ausrüstung, Waffen und Medi-Packs, mit deren Hilfe ihr Eure Soldaten heilen könnt, wenn sie ins gegnerische Feuer geraten sind. Oftmals müsst Ihr mit Eurem Dieb zuvor die Schlösser der Verstecke knacken, um an den Inhalt gelangen zu können. Das erinnert dann fast schon mehr an ein Rollenspiel oder Adventure als an ein Taktik-Spiel. Gefundene Waffen können natürlich gleich gegen den Feind eingesetzt werden. So kann z.B. Euer Pionier die entschärften Minen gleich wieder an geeigneter Stelle gegen deutsche Panzerkampfwagen einsetzen. Der Fahrer in Euren Team findet in Commandos 2 auch mehr Fahrzeuge als im Vorgänger: Überall stehen verlassene Kübelwagen, Opel-Blitz-Laster und sogar Panzer herum, die nur auf einen Einsatz durch Euren Trupp warten. Mit Hilfe eines gekaperten Spähpanzers kommt man ja auch viel leichter voran, da er viel Schutz und Deckung bietet.